Nelle sale, articolate su tre piani, sono esposti i più significativi reperti che illustrano la storia, la cultura e le produzioni artistiche della città di Praeneste, una delle più importanti e fiorenti del Lazio antico. All’ingresso del Museo è ospitato il plastico ricostruttivo del Santuario della Fortuna Primigenia in scala 1:50. Le sale del primo piano ospitano opere relative al culto di Fortuna, tra le quali la colossale statua di Iside-Fortuna, sculture ellenistiche e copie di età romana di capolavori greci. Una delle opere più significative è il celebre rilievo Grimani, risalente all’età augustea, forse opera degli stessi scultori che decorarono l’Ara Pacis a Roma. Al secondo piano sono esposti materiali rinvenuti nelle necropoli e nei santuari del territorio prenestino. Da corredi funebri provengono specchi e ciste in bronzo, ornati da raffinate decorazioni incise e arricchiti da manici e piedi figurati a tutto tondo. Da uno dei più importanti santuari della città, quello di Ercole, provengono numerose terrecotte votive, che attestano un’intensa devozione popolare. La sala al terzo piano ospita il grandioso mosaico nilotico policromo, raffigurante una veduta prospettica del paesaggio egiziano durante una inondazione del Nilo, realizzato da artisti alessandrini alla fine del II sec. a.C. Si tratta di uno dei più grandi e importanti mosaici ellenistici conservati, un capolavoro assoluto per composizione, gusto cromatico e ricchezza di dettagli. Il percorso museale è completato al piano terra dal Criptoportico, la galleria voltata che corre sotto le gradinate della cavea del Santuario. L’ambiente, realizzato in opera incerta e originariamente rivestito di stucchi, ospita sculture e documenti epigrafici provenienti dalla città e dal territorio.

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